El colapso del empaque de atmósfera modificada ocurre a menudo, porque el CO2 el interior puede difundirse fuera del paquete o ser absorbido por el producto alimenticio, lo que hace que la presión del aire dentro del paquete sea más baja que la presión del aire exterior, lo que provoca el colapso del paquete. Este problema suele ocurrir con los paquetes MAP de carne fresca, pescado y marisco fresco, queso blando, panaderías, etc.

La solución común a este problema es llenar con nitrógeno como gas de apoyo, lo que puede ralentizar el efecto de colapso.